《判断力批判》第64节仔细讨论了一棵树：树干长出叶子，叶子又反过来帮助整棵树维持生长；它把外来的材料加工成自己的组成部分，受伤时能自行修补，还能繁衍出同类。
读到康德的这些具体描述，平时随口说的“部分服务于整体”才显出了真正的哲学难处：在一棵树身上，整体同样参与了各个部分的生成，双方是在一个持续的过程中互相依赖的。
平时我们说某个器官“为了”维持生命而存在，通常已经动用整个生命体的活动来理解这个局部器官了。单看一个孤立部件的形状与材料，未必能说明它为什么属于这个器官，更未必能说明它在这个身体中究竟做什么。这里所需要的整体观念，乍看起来确实很像工匠在动手之前心里已有的设计图。
康德对这个表面上的相似处极为谨慎。
制造钟表等人工物时，工匠先在头脑里有整体构想，再从外部按构想制作并组装部件；而自然产物的各个部分，却在生长中参与彼此的形成与维持。若图省事直接从外部安排一位工匠，最需要解释的“自然组织过程”反而被一下绕开了。在第65节里，康德甚至认为，拿人工制造来比拟有机体，仍然低估了有机体自我组织的特殊性。
康德提出“自然目的”这个词，正是试图保留这种特殊困难。他为自然目的规定了两个严格条件：其一，部分的构造要通过它与整体的关系才得到理解；其二，各个部分还必须互为彼此形成的原因与结果。第一项条件在人工物中也能找到，第二项条件则迫使研究者必须关注自然产物自身的组织活动。
当然，这并不意味着“未来的整体”在时间上倒过来推了一把“过去的部分”。研究者在自然界里实际面对的，是正在持续发生的生成、修复与维持关系，只有把它理解为一个整体，才能看清各部分相互支持的作用。在这里，整体的观念是在我们的判断中提供了认识根据，但我们尚未证明自然中真有一个预先存在的意图在充当制造原因。
从“借目的概念理解有机体”到“断言自然有设计者”，中间隔着一整段无法轻易跳过的论证。
康德在第75节明确区分了两项强度截然不同的主张：第一项声称，这类事物客观上只有某个智能者按设计制造才可能产生；第二项说明，按照人类认识能力的特点，我们需要借目的概念来判断这类事物的可能性。前一项对自然对象的起源作出了本体论断言，后一项则只限制了我们人类如何研究它。
要想从后一项认识限制走到前一项起源断言，必须先证明任何可能的认识者都无法以其他方式理解有机体——这一点我们根本做不到。人类的理解方式可以成为我们研究自然时必须遵守的条件，却不能自动升格为一切存在都必须服从的生产条件。
这就是康德赋予“反思判断力”的严格权限：它在已有经验材料中寻找足以把各个部分联系起来的普遍原则。目的概念使生命研究能够继续推进，却没有凭借自身给世界增加一位已经被认识的造物作者。康德由此既在研究方法上保留了目的论，又明确拒绝把自然的精巧组织结构直接拿去充当上帝存在的理论证明。
说到这里，很容易产生一个新的误会：既然目的概念只负责指导判断，我们是否可以把物理过程全盘留给自然科学，再用目的去单独解释一个完全分离的“意义”层面？
康德没有把事情切分得这样轻松。在他看来，两种研究面对的是同一个有机体，而且都会触及它如何产生：目的论要求我们追问部分在整体中的作用，机械研究则继续查找自然原因，两者需要在同一对象上并行推进，彼此不能随意替换。在第78节里，康德尤其反对在自然研究中轻率请出造物者：即使承认最高建筑师安排了这一切，我们仍不知道它具体怎样行动，也无法据此说明某一自然产物的实际形成。用一句“它本来就被设计成这样”去解释眼前的合目的结构，很容易只是把原来的科学疑问换了一种说法。康德因此明确要求把机械解释推进到力所能及之处。
他同时坚持认为，人类对有机体的理解最终离不开目的概念。这是一个很强的哲学判断，背后还有他关于人类知性与直观知性的区分。现代读者完全可以质疑，这种必要性究竟来自人类认识能力本身，还是也包含了当时生物学发展水平的限制；康德关于“一棵草也无法得到充分机械说明”的判断，尤其需要放回这一历史背景中看待，不能拿来充当今天生物研究的禁令。
即便如此，康德保留下来的权限区分仍然十分清楚：发现一个生物结构具有某种功能、说明它有利于某种生命活动，与证明这个结构必定出自某位设计者的有意安排，分别需要各自的证据。研究者完全可以从器官的功能出发提出问题，再去追查它怎样形成、怎样起作用；反过来，目的概念一旦让人停止寻找这些具体过程，也就当场失去了康德赋予它的研究价值。